Institutionen leds av prefekten och institutionsstyrelsen. Styrelsen beslutar om riktlinjer för institutionens verksamhet, följer upp denna och beslutar i frågor som överlämnats till styrelsen. Styrelsen har 9 ledamöter och lika många suppleanter. Ordförandeskapet i styrelsen innehas av prefekten. Vidare finns fyra representanter för lärare, en representant för teknisk administrativ personal och tre representanter för de studerande av vilka minst en bör representera de forskarstuderande. Val av kursombud sker ca 2 veckor efter terminsstarten. Under höstterminen väljer kursombuden studeranderepresentanter till institutionsstyrelsen. Prefekt och studierektor är ansvariga för den direkta ledningen av institutionsarbetet och för att styrelsens beslut verkställs.